純水分配系統通常由純水儲罐，循環泵，一條或兩條以上的循環管路及不同用戶點組成。純水儲罐的大小應該符合純水的峰值流量，它和純化水設備產水能力有一定平衡關系。循環泵的流量應該大于峰值流量和回流流量之和。在線相關儀表檢測水質，一旦水質低于客戶要求即可報警。
純化水分配系統的要點
(1)中國藥典對醫用純化水分配系統要求純化水作為一種衛生潔凈的物料其貯存、分配、輸送系統的設計與施工均應按衛生級產品的標準進行。
(2)純化水分配系統在整個純化水貯存、輸送系統中所使用的泵、閥、管道、管接件均應選擇衛生型，連接方式也應為卡式快開型。純化水分配系統中不應存在死角、積水區，與純化水接觸的部件的內表面平均粗糙度Ra≤0.4μm。
(3)純化水應循環使用，回路中不宜設置中間貯罐，防止微生物滋生。在使用過程中若需對純化水加熱或冷卻時，宜采用雙管板換熱器，盡量安裝在靠近使用點處。
(4)為了防止純化水貯罐、管道及過濾器膜表面微生物的滋生，在純化水輸送分配系統中應設置臭氧發生器及紫外線消毒裝置，對純化水消毒，并進行監測，確保純化水在分配輸送過程中符合GMP規范要求。
(5)在純化水分配輸送系統里增設氣水混合器，把由臭氧(O3)發生器產生的臭氧經混合器與純化水混合均勻，在分配系統中循環運行，依靠臭氧對純化水進行消毒，同時溶于純化水中的微量臭氧(O3)在循環運行中又對管路的內壁、閥、管接件等進行消毒，有效地阻止系統內部微生物的滋長。
純水分配系統消毒方式是臭氧消毒，因此需要配置雙板式換熱器(夏季冷卻作用)或是臭氧發生器以及紫外燈等設備。
